Ia kemudian menjabat sebagai Danrem 061 Surya Kencana di Bogor. Tak lama setelah menjabat di Bogor, ia dipercayai sebagai Wakil Komandan Kopassus.
Pada bulan April 2012, Doni mengikuti pelatihan di Lemhannas untuk PPSA XVIII. Dalam waktu singkat, empat bulan di Lemhannas, ia dipromosikan menjadi Komandan Paspampres.
Doni juga memiliki peran penting sebagai Pangdam XVI/Pattimura dari tahun 2015 hingga 2017 dan Pangdam III/Siliwangi dari tahun 2017 hingga 2018.
Selain itu, ia menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Wantannas pada tahun 2018 dan kemudian dilantik sebagai Kepala BNPB pada tahun 2019.
Sejak dilantik sebagai Kepala BNPB oleh Presiden Jokowi pada Januari 2019, Doni memulai langkah pembentukan Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19 yang kemudian berkembang menjadi Satuan Tugas (Satgas) Penanganan COVID-19 pada Maret 2020.
Pada Maret 2023, Doni menerima penghargaan dari Presiden Jokowi atas upayanya dalam penanggulangan COVID-19.
Penghargaan itu diberikan berkat strategi Pentahelix yang menekankan semangat gotong royong melibatkan semua pihak, termasuk kerja sama dengan pemerintah daerah, masyarakat lokal, para pakar dan akademisi, media, serta sektor swasta.****
